Développement méthodologique pour l’étude des phénomènes d’interaction protéine-glucide

Doctorant : Johann HENDRICKX
Équipe : Conception de protéines in silico
Directeur de thèse : Yves-Henri SANEJOUAND , Directeur de recherche CNRS
co-directeur de thèse : Vinh TRAN , Professeur émérite Université
Financement : CNRS
Date de la soutenance : vendredi 25 octobre 2019, 09h00
Modalité :
  • Lieu : Amphithéâtre Pasteur, bâtiment 2, campus Lombarderie
Jury :
  • Président de jury : Gwenaëlle ANDRE-LEROUX, Directeur de recherche INRA, Jouy-en-Josas
  • Rapporteur : Pedro MALDONADO COUTINHO, Professeur, Aix-Marseille Université
  • Rapporteur : Manuel DAUCHEZ, Professeur, Université Reims Champagne-Ardenne
  • Examinateur : Mirjam CZJZEK, Directeur de recherche CNRS, Station Biologie de Roscoff
  • Directeur de thèse : Yves-Henri SANEJOUAND , Directeur de recherche CNRS
  • co-directeur de thèse : Vinh TRAN , Professeur émérite Université

Un ensemble de méthodes permettant d’étudier in silico des interactions protéine-glucide, primordiales dans de nombreux processus biologiques, sont proposées dans cette étude. En s’appuyant sur des informations fournies par la bio-cristallographie, il est devenu possible d’étudier à grande échelle les modalités d’interaction existantes entre ces deux entités moléculaires. Une étude statistique complète fut donc réalisée afin de déterminer aussi bien les tendances générales que les cas extrêmes observés dans les complexes protéine glucide. Les caractéristiques des interactions protéine glucide sont ainsi décrites, en particulier les liaisons hydrogène (LH) et le rôle des molécules d’eau. Un programme d’identification des LH et de reconstitution de leur(s) réseau(x) hypothétique(s) a été développé. Il comprend entre autres l’ajout putatif des hydrogènes, dans le cas où ils sont absents de la structure, notamment sur les groupes hydroxyles et les molécules d’eau. Une stratégie originale pour positionner de manière putative des molécules d’eau sur les sites de reconnaissance protéiques est également décrite. Cette stratégie a pour prétention de permettre le développement d’un protocole d’amarrage moléculaire protéine-glucide, les glucides et les molécules d’eau partageant sensiblement le même réseau de LH. Suite aux nombreuses anomalies décelées dans la PDB au niveau des glucides, une méthode d’identification et de vérification des structures 3D des glucides est également décrite. Elle a permis de limiter les bruits statistiques de cette étude. Environ 280 monosaccharides sous forme furanique et pyranique ont ainsi été référencés. La flexibilité intrinsèque des glucides a également amené à une étude approfondie de la conformation des glucides observée dans les structures cristallographiques.

Mots-clés :

Publications

2020

Hendrickx, Johann; Tran, Vinh; Sanejouand, Yves-Henri

Numerous severely twisted N-acetylglucosamine conformations found in the protein databank Article

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 88 (10), p. 1376–1383, 2020, ISSN: 10970134.

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