Responsable : Leila TIRICHINE

Les microalgues sont à la base de la chaîne alimentaire de l’écosystème marin. Elles jouent un rôle primordial dans l’équilibre de notre planète grâce à leur fonction de photosynthèse qui fait d’elle le premier producteur d’oxygène et un véritable puits de carbone. Au-delà de leur importance écologique, elles représentent une source importante de composés bioactifs utilisés dans les industries pharmaceutiques, agroalimentaires, cosmétiques et de l’énergie.

Malgré leur importance écologique et économique, les bases moléculaires impliquées dans la réponse des microalgues à leur environnement et l’impact des changements que connaît notre planète sur leur devenir et évolution sont très peu connus. Nous étudions les mécanismes moléculaires en particulier épigénétiques, notamment la méthylation de l’ADN et les modifications post-traductionnelles des histones impliquées dans la réponse des micro-algues aux facteurs biotiques et abiotiques de l’environnement. Nous utilisons des approches multi-échelles, de la cellule entière/génome aux gènes, combinées à de la bioinformatique intégrative pour comprendre la biologie des modèles/systèmes étudiés en tant qu’entité et dans un contexte plus globale. Nous nous intéressons plus particulièrement à un groupe dominant des micro-algues, les diatomées et utilisons des espèces modèles ainsi que des approches moléculaires pluridisciplinaires pour comprendre comment les diatomées répondent aux contraintes biotiques et abiotiques des océans actuels. Nous utilisons des espèces modèles et non modèles pour étudier les interactions des diatomées avec les bactéries en particulier de type diazotrophe.

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Projets

Publications

2 publications

Bourdareau, Simon; Tirichine, Leila; Lombard, Bérangère; Loew, Damarys; Scornet, Delphine; Wu, Yue; Coelho, Susana M; Cock, Mark J

Histone modifications during the life cycle of the brown alga Ectocarpus Article

Genome Biology, 22 (1), 2021, ISSN: 1474760X.

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Hoguin, Antoine; Rastogi, Achal; Bowler, Chris; Tirichine, Leila

Genome ‑ wide analysis of allele ‑ specific expression of genes in the model diatom Phaeodactylum tricornutum Article

Scientific Reports, p. 1–10, 2021, ISSN: 2045-2322.

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10 publications

Zhao, Xue; Rastogi, Achal; Deton Cabanillas, Anne Flore ; Ait Mohamed, Ouardia ; Cantrel, Catherine; Lombard, Berangère; Murik, Omer; Genovesio, Auguste; Bowler, Chris; Bouyer, Daniel; Loew, Damarys; Lin, Xin; Veluchamy, Alaguraj; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Tirichine, Leila

Genome wide natural variation of H3K27me3 selectively marks genes predicted to be important for cell differentiation in Phaeodactylum tricornutum Article

New Phytologist, p. nph.17129, 2020, ISSN: 0028-646X.

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Ait-Mohamed, Ouardia; Novák Vanclová, Anna M G; Joli, Nathalie; Liang, Yue; Zhao, Xue; Genovesio, Auguste; Tirichine, Leila; Bowler, Chris; Dorrell, Richard G

PhaeoNet: A Holistic RNAseq-Based Portrait of Transcriptional Coordination in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum Article

Frontiers in Plant Science, 11 , 2020, ISSN: 1664462X.

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Carraro, Nicolas; Richard, Xavier; Sulser, Sandra; Delavat, François; Mazza, Christian; van der Meer, Jan Roelof

An analog to digital converter controls bistable transfer competence development of a widespread bacterial integrative and conjugative element Article

eLife, 9 , p. 1–40, 2020, ISSN: 2050084X.

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Zhao, Xue; Hoguin, Antoine; Chaumier, Timothée; Tirichine, Leila

Epigenetic control of diatom genomes: An overview from in Silico characterisation to functional studies Book Chapter

The molecular life of diatoms, Springer Nature Switzerland AG, 2020.

BibTeX

Sato, Shinya; Nanjappa, Deepak; Dorrell, Richard G; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Kazamia, Elena; Tirichine, Leila; Veluchamy, Alaguraj; Heilig, Roland; Aury, Jean Marc; Jaillon, Olivier; Wincker, Patrick; Fussy, Zoltan; Obornik, Miroslav; ñ, Sergio Mu A; Mann, David G; Bowler, Chris; Zingone, Adriana

Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal Article

Scientific Reports, 10 (1), p. 1–12, 2020, ISSN: 20452322.

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Rastogi, Achal; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Deton-Cabanillas, Anne-Flore; Veluchamy, Alaguraj; Cantrel, Catherine; Wang, Gaohong; Vanormelingen, Pieter; Bowler, Chris; Piganeau, Gwenael; Hu, Hanhua; Others,

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure, and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum Article

The ISME journal, 14 (2), p. 347–363, 2020.

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Fan, Xiao; Han, Wentao; Teng, Linhong; Jiang, Peng; Zhang, Xiaowen; Xu, Dong; Li, Chang; Pellegrini, Matteo; Wu, Chunhui; Wang, Yitao; Kaczurowski, Michelle Joyce Slade; Lin, Xin; Tirichine, Leila; Mock, Thomas; Ye, Naihao

Single-base methylome profiling of the giant kelp Saccharina japonica reveals significant differences in DNA methylation to microalgae and plants Article

New Phytologist, 225 (1), p. 234–249, 2020, ISSN: 14698137.

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Zhao, Xue; Deton Cabanillas, Anne Flore ; Veluchamy, Alaguraj; Bowler, Chris; Vieira, Fabio Rocha Jimenez; Tirichine, Leila

Probing the Diversity of Polycomb and Trithorax Proteins in Cultured and Environmentally Sampled Microalgae Article

Frontiers in Marine Science, 7 , p. 189, 2020, ISSN: 2296-7745.

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Rathor, Pramod; Borza, Tudor; Liu, Yanhui; Qin, Yuan; Stone, Sophia; Zhang, Junzeng; Hui, Joseph P M; Berrue, Fabrice; Groisillier, Agnès; Tonon, Thierry; Yurgel, Svetlana; Potin, Philippe; Prithiviraj, Balakrishnan

Low Mannitol Concentrations in Arabidopsis thaliana Expressing Ectocarpus Genes Improve Salt Tolerance Article

Plants, 9 (11), 2020, ISSN: 2223-7747.

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Strat, Yoran Le; Tonon, Thierry; Leblanc, Catherine; Groisillier, Agnès

Characterization of redox sensitive algal mannitol-1-phosphatases of the haloacid dehalogenase superfamily of proteins Article

bioRxiv, 2020.

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4 publications

Murik, Omer; Tirichine, Leila; Prihoda, Judit; Thomas, Yann; ú, Wagner Ara L; Allen, Andrew E; Fernie, Alisdair R; Bowler, Chris

Downregulation of mitochondrial alternative oxidase affects chloroplast function, redox status and stress response in a marine diatom Article

New Phytologist, 221 (3), p. 1303–1316, 2019, ISSN: 14698137.

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Huang, Ruiping; Ding, Jiancheng; Gao, Kunshan; de Carvalho, Maria Helena; Tirichine, Leila; Bowler, Chris; Lin, Xin

A Potential Role for Epigenetic Processes in the Acclimation Response to Elevated pCO2 in the Model Diatom Phaeodactylum tricornutum Article

Frontiers in Microbiology, 9 , p. 3342, 2019, ISSN: 1664-302X.

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Shao, Zhanru; Thomas, Yann; Hembach, Lea; Xing, Xiaohui; Duan, Delin; Moerschbacher, Bruno M; Bulone, Vincent; Tirichine, Leila; Bowler, Chris

Comparative characterization of putative chitin deacetylases from Phaeodactylum tricornutum and Thalassiosira pseudonana highlights the potential for distinct chitin-based metabolic processes in diatoms Article

New Phytologist, 221 (4), p. 1890–1905, 2019, ISSN: 14698137.

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Caputi, L; Carradec, Q; Eveillard, D; Kirilovsky, A; Pelletier, E; Karlusich, Pierella J J; Vieira, Rocha Jimenez F; Villar, E; Chaffron, S; Malviya, S; Scalco, E; Acinas, S G; Alberti, A; Aury, J -M; Benoiston, A -S; Bertrand, A; Biard, T; Bittner, L; Boccara, M; Brum, J R; Brunet, C; Busseni, G; Carratalà, A; Claustre, H; Coelho, L P; Colin, S; Daniello, S; Silva, Da C; Core, Del M; Doré, H; Gasparini, S; Kokoszka, F; Jamet, J -L; Lejeusne, C; Lepoivre, C; Lescot, M; Lima-Mendez, G; Lombard, F; Lukeš, J; Maillet, N; Madoui, M -A; Martinez, E; Mazzocchi, M G; Néou, M B; Paz-Yepes, J; Poulain, J; Ramondenc, S; Romagnan, J -B; Roux, S; Manta, Salvagio D; Sanges, R; Speich, S; Sprovieri, M; Sunagawa, S; Taillandier, V; Tanaka, A; Tirichine, Leila; Trottier, Camille; Uitz, J; Veluchamy, A; Veselá, J; Vincent, F; Yau, S; Kandels-Lewis, S; Searson, S; Dimier, C; Picheral, M; Bork, P; Boss, E; de Vargas, C; Follows, M J; Grimsley, N; Guidi, L; Hingamp, P; Karsenti, E; Sordino, P; Stemmann, L; Sullivan, M B; Tagliabue, A; Zingone, A; Garczarek, L; DÓrtenzio, F; Testor, P; Not, F; DÁlcalà, M R; Wincker, P; Bowler, C; Iudicone, D

Community-Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems Article

Global Biogeochemical Cycles, 33 (3), 2019, ISSN: 19449224.

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