Responsable : Yves-Henri SANEJOUAND

L’équipe “Conception de protéines in silico” a deux objectifs principaux :

  1. Développer des méthodes permettant d’étudier la relation séquence-structure-dynamique-fonction des protéines, en privilégiant des approches originales (modes normaux, alphabet structural…). Plus particulièrement:
    • la relation séquence-structure: des alphabets structuraux sont développés, notamment dans le but de prédire des structures locales et tertiaires (problème de la reconnaissance de repliements).
    • la relation structure-flexibilité: l’analyse en modes normaux est utilisée pour produire des jeux de conformères de protéines capables de récapituler ceux observés lors de simulations de dynamique moléculaire, ainsi que pour évaluer l’importance du rôle de l’énergie libre vibrationnelle dans les phénomènes de reconnaissance moléculaire.
    • la relation structure-fonction : cette relation est notamment étudiée dans le cadre de nos travaux consacrés aux phénomènes de reconnaissance protéine-molécule odorante.
      Les méthodes développées sont mises à disposition de la communauté sous forme de sites web : Protein Blocks Expert, Elnémo, etc.
  2. Contribuer aux interprétations de résultats expérimentaux obtenus par nos collaborateurs. C’est l’occasion pour nous de tester des méthodes standards dans des cas autres que les systèmes modèles les plus populaires de notre domaine, telles que les simulations de dynamique moléculaire classique, les méthodes d’arrimage protéine-ligand ou protéine-protéine. Nous travaillons notamment sur les complexes protéine-(oligo)saccharide, en collaboration avec l’équipe de Glycobiologie. Le problème de la reconnaissance protéine-protéine est quand à lui abordé dans le cadre d’une importante collaboration régionale (le projet PIRAMID).
    Les analyses effectuées sont mises à disposition de la communauté sous forme de sites web : dockNmine, Proteocarb, etc.

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Membres

Anciens membres de l'équipe


Projets

Publications

7 publications

Poulet, Axel; Mishra, Laxmi Narayan; Téletchéa, Stéphane; Hayes, Jeffrey J; Jacob, Yannick; Thiriet, Christophe; Duc, Céline

Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of Mycetozoans to the animal kingdom Article de journal

Dans: NAR Genomics and Bioinformatics, 3 (4), 2021, ISSN: 2631-9268, (lqab107).

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Guo, Xia; Xuan, Ning; Liu, Guoxia; Xie, Hongyan; Lou, Qinian; Arnaud, Philippe; Offmann, Bernard; Picimbon, Jean-François

An Expanded Survey of the Moth PBP/GOBP Clade in Bombyx mori: New Insight into Expression and Functional Roles Article de journal

Dans: Frontiers in Physiology, 12 , p. 712593, 2021, ISSN: 1664-042X.

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Teze, David; Zhao, Jiao; Wiemann, Mathias; Ara, Kazi Z G; Lupo, Rossana; Zeuner, Birgitte; Vuillemin, Marlène; Rønne, Mette E; Carlström, Göran; Duus, Jens Ø; Sanejouand, Yves-Henri; O'Donohue, Michael J; Karlsson, Eva Nordberg; Fauré, Régis; Stålbrand, Henrik; Svensson, Birte

Rational Enzyme Design without Structural Knowledge: A Sequence-Based Approach for Efficient Generation of Transglycosylases Article de journal À paraître

Dans: Chemistry – A European Journal, n/a (n/a), À paraître.

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Sanejouand, Yves-Henri

Normal-mode driven exploration of protein domain motions Article de journal

Dans: Arxiv:2103.11959, 2021.

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Muñoz-Garcia, Javier; Cochonneau, Denis; Téletchéa, Stéphane; Moranton, Emilie; Lanoe, Didier; Brion, Régis; Lézot, Frédéric; Heymann, Marie-Françoise; Heymann, Dominique

The twin cytokines interleukin-34 and CSF-1: masterful conductors of macrophage homeostasis Article de journal À paraître

Dans: Theranostics, 11 (4), p. 1568, À paraître.

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Floch, Aline; Téletchéa, Stéphane; Tournamille, Christophe; de Brevern, Alexandre G; Pirenne, France

A Review of the Literature Organized Into a New Database: RHeference Article de journal

Dans: Transfusion Medicine Reviews, 2021, ISSN: 0887-7963.

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Gheyouche, Ennys; Bagueneau, Matthias; Loirand, Gervaise; Offmann, Bernard; Téletchéa, Stéphane

Structural Design and Analysis of the RHOA-ARHGEF1 Binding Mode: Challenges and Applications for Protein-Protein Interface Prediction Article de journal

Dans: Frontiers in Molecular Biosciences, 8 , p. 643728, 2021, ISSN: 2296-889X.

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9 publications

Dhingra, Surbhi; Sowdhamini, Ramanathan; Sanejouand, Yves-Henri; Cadet, Frédéric; Offmann, Bernard

Customised fragment libraries for ab initio protein structure prediction using a structural alphabet Article de journal

Dans: arXiv:2005.01696, 2020.

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Ostafe, Raluca; Fontaine, Nicolas; Frank, David; Chong, Matthieu Ng Fuk; Prodanovic, Radivoje; Pandjaitan, Rudy; Offmann, Bernard; Cadet, Frédéric; Fischer, Rainer

One-shot optimization of multiple enzyme parameters: Tailoring glucose oxidase for pH and electron mediators Article de journal

Dans: Biotechnology and Bioengineering, 117 (1), p. 17–29, 2020, ISSN: 10970290.

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Hendrickx, Johann; Tran, Vinh; Sanejouand, Yves-Henri

Numerous severely twisted N-acetylglucosamine conformations found in the protein databank Article de journal

Dans: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 88 (10), p. 1376–1383, 2020, ISSN: 10970134.

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Dhingra, Surbhi; Sowdhamini, Ramanathan; Cadet, Frédéric; Offmann, Bernard

A glance into the evolution of template-free protein structure prediction methodologies Article de journal

Dans: Biochimie, 175 , p. 85 - 92, 2020, ISSN: 0300-9084.

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Nagaraja, Anamya Ajjolli; Charton, Philippe; Cadet, Xavier F; Fontaine, Nicolas; Delsaut, Mathieu; Wiltschi, Birgit; Voit, Alena; Offmann, Bernard; Damour, Cedric; Grondin-Perez, Brigitte; Cadet, Frederic

A Machine Learning Approach for Efficient Selection of Enzyme Concentrations and Its Application for Flux Optimization Article de journal

Dans: Catalysts, 10 (3), 2020, ISSN: 2073-4344.

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Liu, Guoxia; Xuan, Ning; Rajashekar, Balaji; Arnaud, Philippe; Offmann, Bernard; Picimbon, Jean-François

Comprehensive History of CSP Genes: Evolution, Phylogenetic Distribution and Functions Article de journal

Dans: Genes, 11 (4), p. 413, 2020.

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Téletchéa, Stéphane; Téletchéa, Fabrice

STOREFISH 2.0: a database on the reproductive strategies of teleost fishes Article de journal

Dans: Database, 2020 , 2020, ISSN: 1758-0463, (baaa095).

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Dussouy, Christophe; Téletchéa, Stéphane; Lambert, Annie; Charlier, Cathy; Botez, Iuliana; Ceuninck, Frédéric De; Grandjean, Cyrille

Access to Galectin-3 Inhibitors from Chemoenzymatic Synthons Article de journal

Dans: The Journal of Organic Chemistry, 85 (24), p. 16099-16114, 2020, (PMID: 33200927).

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Sanejouand, Yves-Henri

On the vibrational free energy of hydrated proteins Article de journal

Dans: arXiv:2010.10313, 2020.

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12 publications

Gheyouche, Ennys; Launay, Romain; Lethiec, Jean; Labeeuw, Antoine; Roze, Caroline; Amossé, Alan; Téletchéa, Stéphane

Docknmine, a web portal to assemble and analyse virtual and experimental interaction data Article de journal

Dans: International Journal of Molecular Sciences, 20 (20), 2019, ISSN: 14220067.

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Tripathi, Neha; Vetrivel, Iyanar; Téletchéa, Stéphane; Jean, Mickaël; Legembre, Patrick; Laurent, Adèle D

Investigation of phospholipase Cγ1 interaction with SLP76 using molecular modeling methods for identifying novel inhibitors Article de journal

Dans: International Journal of Molecular Sciences, 20 (19), 2019, ISSN: 14220067.

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Nagaraja, Anamya Ajjolli; Fontaine, Nicolas; Delsaut, Mathieu; Charton, Philippe; Damour, Cedric; Offmann, Bernard; Grondin-Perez, Brigitte; Cadet, Frédéric

Flux prediction using artificial neural network (ANN) for the upper part of glycolysis Article de journal

Dans: PLOS ONE, 14 (5), p. e0216178, 2019, ISSN: 1932-6203.

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Téletchéa, Stéphane; Santuz, H; Léonard, S; Etchebest, Catherine

Repository of enriched structures of proteins involved in the red blood cell environment (RESPIRE) Article de journal

Dans: PLoS ONE, 14 (2), 2019, ISSN: 19326203.

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Caignec, Cédric Le; Ory, Benjamin; Lamoureux, François; O'Donohue, Marie Francoise; Orgebin, Emilien; Lindenbaum, Pierre; Téletchéa, Stéphane; Saby, Manon; Hurst, Anna; Nelson, Katherine; Gilbert, Shawn R; Wilnai, Yael; Zeitlin, Leonid; Segev, Eitan; Tesfaye, Robel; Nizon, Mathilde; Cogne, Benjamin; Bezieau, Stéphane; Geoffroy, Loic; Hamel, Antoine; Mayrargue, Emmanuelle; de Courtivron, Benoît; Decock-Giraudaud, Aliette; Charrier, Céline; Pichon, Olivier; Retière, Christelle; Redon, Richard; Pepler, Alexander; McWalter, Kirsty; Costa, Lydie Da; Toutain, Annick; Gleizes, Pierre Emmanuel; Baud'huin, Marc; Isidor, Bertrand

RPL13 Variants Cause Spondyloepimetaphyseal Dysplasia with Severe Short Stature Article de journal

Dans: American Journal of Human Genetics, 105 (5), p. 1040–1047, 2019, ISSN: 15376605.

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Ghosh, Pritha; Joshi, Adwait; Guita, Niang; Offmann, Bernard; Sowdhamini, Ramanathan

EcRBPome: A comprehensive database of all known E. coli RNA-binding proteins Article de journal

Dans: BMC Genomics, 20 (1), p. 1–6, 2019, ISSN: 14712164.

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David, Benoit; Arnaud, Philippe; Tellier, Charles; Sanejouand, Yves-Henri

Toward the design of efficient transglycosidases: the case of the GH1 of Thermus thermophilus Article de journal

Dans: Protein Engineering, Design and Selection, 32 (7), p. 309–316, 2019, ISSN: 1741-0126.

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Chaaya, Nancy; Shahsavarian, Melody A; Maffucci, Irene; Friboulet, Alain; Offmann, Bernard; Léger, Jean Benoist; Rousseau, Sylvain; Avalle, Bérangère; Padiolleau-Lefèvre, Séverine

Genetic background and immunological status influence B cell repertoire diversity in mice Article de journal

Dans: Scientific Reports, 9 (1), p. 1–7, 2019, ISSN: 20452322.

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Vetrivel, Iyanar; de Brevern, Alexandre G; Cadet, Frédéric; Srinivasan, Narayanaswamy; Offmann, Bernard

Structural variations within proteins can be as large as variations observed across their homologues Article de journal

Dans: Biochimie, 167 , p. 162–170, 2019, ISSN: 61831638.

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Richoux, Florian; Servantie, Charlène; Borès, Cynthia; Téletchéa, Stéphane

Comparing two deep learning sequence-based models for protein-protein interaction prediction Article de journal

Dans: arXiv, 1901.06268 , 2019.

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Vetrivel, Iyanar; Hoffmann, Lionel; Guegan, Sean; Offmann, Bernard; Laurent, Adele D

PBmapclust: Mapping and Clustering the Protein Conformational Space Using a Structural Alphabet Inproceedings

Dans: Byska, Jan; Krone, Michael; Sommer, Björn (Ed.): Workshop on Molecular Graphics and Visual Analysis of Molecular Data, The Eurographics Association, 2019, ISBN: 978-3-03868-085-7.

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Liu, Guoxia; Arnaud, Philippe; Offmann, Bernard; Picimbon, Jean-François

Pheromone, Natural Odor and Odorant Reception Suppressing Agent (ORSA) for Insect Control Recueil

Dans: Olfactory Concepts of Insect Control-Alternative to Insecticides, p. 311–345, Springer, Cham, 2019.

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1 publication

Cadet, Frédéric; Fontaine, Nicolas; Li, Guangyue; Sanchis, Joaquin; Chong, Matthieu Ng Fuk; Pandjaitan, Rudy; Vetrivel, Iyanar; Offmann, Bernard; Reetz, Manfred T

A machine learning approach for reliable prediction of amino acid interactions and its application in the directed evolution of enantioselective enzymes Article de journal

Dans: Scientific Reports, 8 (1), p. 1–15, 2018, ISSN: 20452322.

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10 publications

Vetrivel, Iyanar; Mahajan, Swapnil; Tyagi, Manoj; Hoffmann, Lionel; Sanejouand, Yves-Henri; Srinivasan, Narayanaswamy; Brevern, Alexandre G De; Cadet, Frédéric; Offmann, Bernard

Knowledge-based prediction of protein backbone conformation using a structural alphabet Article de journal

Dans: PLoS ONE, 12 (11), 2017, ISSN: 19326203.

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Sanejouand, Yves-Henri

Mutational dynamics of influenza A viruses: a principal component analysis of hemagglutinin sequences of subtype H1 Article de journal

Dans: 2017.

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Sanejouand, Yves-Henri

A singular mutation in the hemagglutinin of the 1918 pandemic virus Article de journal

Dans: Archives of Biochemistry and Biophysics, 625-626 , p. 13–16, 2017, ISSN: 0003-9861.

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Mahajan, Swapnil; Sanejouand, Yves-Henri

Jumping between protein conformers using normal modes Article de journal

Dans: Journal of Computational Chemistry, 38 (18), p. 1622–1630, 2017, ISSN: 1096987X.

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Atmanene, Cédric; Ronin, Céline; Téletchéa, Stéphane; Gautier, François Moana; Djedaïni-Pilard, Florence; Ciesielski, Fabrice; Vivat, Valérie; Grandjean, Cyrille

Biophysical and structural characterization of mono/di-arylated lactosamine derivatives interaction with human galectin-3 Article de journal

Dans: Biochemical and Biophysical Research Communications, 489 (3), p. 281–286, 2017, ISSN: 10902104.

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Labbé, Pauline; Faure, Emilie; Lecointe, Simon; Scouarnec, Solena Le; Kyndt, Florence; Marrec, Marie; Tourneau, Thierry Le; Offmann, Bernard; Duplaà, Cécile; Zaffran, Stéphane; Schott, Jean Jacques; Merot, Jean

The alternatively spliced LRRFIP1 Isoform-1 is a key regulator of the Wnt/β-catenin transcription pathway Article de journal

Dans: Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research, 1864 (7), p. 1142–1152, 2017, ISSN: 18792596.

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David, Benoit; Irague, Romain; Jouanneau, Diane; Daligault, Franck; Czjzek, Mirjam; Sanejouand, Yves-Henri; Tellier, Charles

Internal Water Dynamics Control the Transglycosylation/Hydrolysis Balance in the Agarase (AgaD) of Zobellia galactanivorans Article de journal

Dans: ACS Catalysis, 7 (5), p. 3357–3367, 2017, ISSN: 21555435.

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Shahsavarian, Melody A; Chaaya, Nancy; Costa, Narciso; Boquet, Didier; Atkinson, Alexandre; Offmann, Bernard; Kaveri, Srini V; Lacroix-Desmazes, Sébastien; Friboulet, Alain; Avalle, Bérangère; Padiolleau-Lefèvre, Séverine

Multitarget selection of catalytic antibodies with β-lactamase activity using phage display Article de journal

Dans: FEBS Journal, 284 (4), p. 634–653, 2017, ISSN: 17424658.

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Dion, Johann; Advedissian, Tamara; Storozhylova, Nataliya; Dahbi, Samir; Lambert, Annie; Deshayes, Frédérique; Viguier, Mireille; Tellier, Charles; Poirier, Françoise; Téletchéa, Stéphane; Dussouy, Christophe; Tateno, Hiroaki; Hirabayashi, Jun; Grandjean, Cyrille

Development of a Sensitive Microarray Platform for the Ranking of Galectin Inhibitors: Identification of a Selective Galectin-3 Inhibitor Article de journal

Dans: ChemBioChem, 18 (24), p. 2428–2440, 2017, ISSN: 14397633.

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David, Benoît

Conception rationnelle dénzyme: conversion de glycoside hydrolases en transglycosidases Thèse

Université de Nantes, 2017.

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2 publications

Liu, Guoxia; Ma, Hongmei; Xie, Hongyan; Xuan, Ning; Guo, Xia; Fan, Zhongxue; Rajashekar, Balaji; Arnaud, Philippe; Offmann, Bernard; Picimbon, Jean François

Biotype characterization, developmental profiling, insecticide response and binding property of Bemisia tabaci chemosensory proteins: Role of CSP in insect defense Article de journal

Dans: PLoS ONE, 11 (5), 2016, ISSN: 19326203.

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Verhaeghe, Tom; Winter, Karel De; Berland, Magali; Vreese, Rob De; D'Hooghe, Matthias; Offmann, Bernard; Desmet, Tom

Converting bulk sugars into prebiotics: Semi-rational design of a transglucosylase with controlled selectivity Article de journal

Dans: Chemical Communications, 52 (18), p. 3687–3689, 2016, ISSN: 1364548X.

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8 publications

Mahajan, Swapnil; Brevern, Alexandre G De; Sanejouand, Yves-Henri; Srinivasan, Narayanaswamy; Offmann, Bernard

Use of a structural alphabet to find compatible folds for amino acid sequences Article de journal

Dans: Protein Science, 24 (1), p. 145–153, 2015, ISSN: 1469896X.

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Mahajan, Swapnil; Sanejouand, Yves-Henri

On the relationship between low-frequency normal modes and the large-scale conformational changes of proteins Article de journal

Dans: Archives of Biochemistry and Biophysics, 567 , p. 59–65, 2015, ISSN: 10960384.

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Teze, David; Daligault, Franck; Ferrières, Vincent; Sanejouand, Yves-Henri; Tellier, Charles

Semi-rational approach for converting a GH36 α-glycosidase into an α-transglycosidase Article de journal

Dans: Glycobiology, 25 (4), p. 420–427, 2015, ISSN: 14602423.

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Saumonneau, Amélie; Champion, Elise; Peltier-Pain, Pauline; Molnar-Gabor, Dora; Hendrickx, Johann; Tran, Vinh; Hederos, Markus; Dekany, Gyula; Tellier, Charles

Design of an α-l-transfucosidase for the synthesis of fucosylated HMOs Article de journal

Dans: Glycobiology, 26 (3), p. 261–269, 2015, ISSN: 14602423.

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Craveur, Pierrick; Joseph, Agnel P; Esque, Jeremy; Narwani, Tarun J; Noël, Floriane; Shinada, Nicolas; Goguet, Matthieu; Leonard, Sylvain; Poulain, Pierre; Bertrand, Olivier; Faure, Guilhem; Rebehmed, Joseph; Ghozlane, Amine; Swapna, Lakshmipuram S; Bhaskara, Ramachandra M; Barnoud, Jonathan; Téletchéa, Stéphane; Jallu, Vincent; Cerny, Jiri; Schneider, Bohdan; Etchebest, Catherine; Srinivasan, Narayanaswamy; Gelly, Jean Christophe; de Brevern, Alexandre G

Protein flexibility in the light of structural alphabets Article de journal

Dans: Frontiers in Molecular Biosciences, 2 (MAY), p. 1–20, 2015, ISSN: 2296889X.

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Fontaine, Nicolas; Grondin-perez, Brigitte; Cadet, Frédéric; Offmann, Bernard; Fontaine, Nicolas; Grondin-perez, Brigitte; Cadet, Frédéric; Offmann, Bernard; Fontaine, Nicolas; Grondin-perez, Brigitte; Cadet, Frédéric; Offmann, Bernard

Modeling of a Cell-Free Synthetic System for Biohydrogen Production Article de journal

Dans: Journal of Computer Science & Systems Biology, 8 (3), 2015, ISSN: 09747230.

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Le-Bail, Patricia; Lorentz, C; Pencreac'h, G; Soultani-Vigneron, S; Pontoire, B; Giraldo, J. López L; Villeneuve, P; Hendrickx, Johann; Tran, Vinh

Trapping by amylose of the aliphatic chain grafted onto chlorogenic acid: Importance of the graft position Article de journal

Dans: Carbohydrate Polymers, 117 , p. 910–916, 2015, ISSN: 01448617.

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Sanejouand, Yves-Henri

Simplified flexibility analysis of proteins Chapitre d'ouvrage

Dans: Fuxreiter, Monika (Ed.): Computational Approaches to Protein Dynamics: From Quantum to Coarse-Grained Methods, Chapitre 5, p. 153–182, CRC Press, 2015.

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