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Equipe: Conception de protéines in silico
Conception de protéines in silico
Picture: Discrete breathers in nonlinear network models of proteins Picture: Docking of oNPGal within the [+1]/[+2] subsites of the A221W mutant Picture: Principe of encoding of protein structures using Structural Alphabet

Responsable : Yves-Henri Sanejouand (DR CNRS).

Membres : Vinh Tran (PU émérite), Bernard Offmann (PU), Stéphane Téletchéa (MCU), Philippe Arnaud (IR CNRS), Johann Hendrickx (IE CNRS), Lionel Hoffmann (IE CNRS), Benoît David (Doct.), Iyanar Vetrivel (Doct.), Mahesh Velusamy (Doct.), Ennys Gheyouche (Doct.).

Financements : projet national BIP-BIP, projets régionaux GRIOTE et PIRAMID.

L'équipe “Conception de protéines in silico” se consacre à deux types de tâches:

  1. Contribuer aux interprétations de résultats expérimentaux obtenus par les autres équipes de l'Unité. Pour cela, des méthodes standards de modélisation sont utilisées telles que les simulations de dynamique moléculaire, les tests de docking protéine-ligand et protéine-protéine.
  2. Développer des méthodes permettant d'étudier la relation séquence-structure-dynamique-fonction des protéines, en privilégiant des approches originales (modes normaux, alphabet structural...). Plus particulièrement:
    1. La relation séquence-structure: des alphabets structuraux sont développés, notamment sur la prédiction de structures locales et tertiaires (problème de la reconnaissance de repliements).
    2. La relation structure-flexibilité: des travaux sur l'analyse des modes normaux continuent, plus spécifiquement sur la production de jeux de conformères de protéines capables de récapituler ceux observés par RMN ou au cours d'une longue trajectoire de dynamique moléculaire.
    3. La relation structure-fonction: des travaux sur les complexes protéine-oligosaccharide (en collaboration avec l'équipe de glycobiologie) et protéine-molécule odorante se poursuivent. Le problème de la reconnaissance protéine-protéine est également étudié dans le cadre d'une large collaboration régionale (le projet PIRAMID).